Sbalzati ai limiti estremi del Mundus Magicus da un potente incantesimo di Fate, Negi e i suoi amici continuano il loro viaggio in attesa di ricongiungersi. Sotto la guida di Rakan, il giovane mago dovrà affrontare questa volta una prova davvero difficile: per poter avanzare lungo il cammino che lo porterà a diventare un mago di primo livello, ed essere quindi in grado di battere Fate, Negi dovrà scegliere fra la strada della luce, sulle orme del padre, o quella delle tenebre, sulle orme della master Eva. Nel frattempo, anche le ragazze hanno il loro bel da fare, ognuna impegnata a sopravvivere e a cavarsela in questo strano, bizzarro, mondo. In particolare, vedremo la piccola Yue alle prese con una nuova scuola e delle nuove compagne non molto ben disposte nei suoi confronti...