La trama ruota attorno a tre personaggi principali, Masaru, Narumi e Shirogane (Eleanor) e si dipana attraverso le tematiche del circo, dell'alchimia e dei karakuri (burattini automatici) unendo questi elementi in un unica storia intrisa di mistero e azione.
Tutto ha inizio quando il padre di Masaru muore, lasciandogli in eredità 18 miliardi di yen (circa 138 milioni di euro). I suoi fratellastri (tutti di madri diverse) e suo zio tramano per ucciderlo oppure rapirlo, allo scopo di impossessarsi dell'intero patrimonio. Per caso Narumi finisce per salvare Masaru con l'aiuto di Shirogane. Man mano che gli episodi si sviluppano, una tragedia lunga 200 anni viene rivelata e si fa luce sul mistero dell'origine della Shirogane, Automatons e della sindrome Zonapha. Ognuno dei protagonisti è prigioniero di un ciclo di reincarnazioni che è il risultato della tragedia di 200 anni prima.