Edward e Alphonse arrivano a Central City e si incontrano con il tenente-colonnello Roy Mustang. Il giovane militare decide di assegnarli alle cure di Shou Tucker, un uomo noto come l’Alchimista intreccia-vite, visti i suoi studi nel campo delle chimere. Insieme a lui vive sua figlia, la piccola Nina, che si affeziona ai due fratelli. Ben presto Tucker commetterà un crimine imperdonabile che sconvolgerà i due fratelli Elric, ma non c’è tempo per piangere, perché l’assassino Scar è arrivato in città! FMA 2 presenta i fatti visti negli episodi fino al 16 del cartone animato qui presentati però in una maniera nuova e originale, con molte differenze e aggiunte rispetto all’anime!