Nel bel mezzo dell’epoca Edo, quella dei grandi samurai, piombano dal cielo degli alieni chiamati Amanto che conquistano la Terra. La casta dei samurai viene abolita e i nobili guerrieri privati della spada. Tuttavia, qualcuno non è disposto ad accettare questa imposizione: si tratta di Gintoki Sakata, ragazzaccio ribelle e impulsivo, che con un gruppo di amici cerca di tirare avanti senza tradire i principi del vero samurai!
Mentre sull’isola-prigione di Kokujo imperversa la battaglia, tra i due direttori della Shinsengumi e della Mimawarigumi, Kondo e Sasaki, ha inizio un duello personale. Nel frattempo Gintoki riesce a smascherare Utsuro, scoprendo che il volto del suo avversario è quello di un uomo la cui esistenza avrebbe dovuto essere cessata da tempo…