Shinichi Kudo è un brillante liceale abilissimo nel risolvere qualunque enigma o caso di omicidio, anche il più complesso. Un giorno viene catturato da dei misteriosi uomini in nero e viene costretto a bere una strana medicina che lo trasforma in un bambino delle elementari… Da quel momento diverrà Conan, il piccolo detective più famoso del Giappone!
Conan, Kogoro Mori, Amuro e Kanenori Wakita: la destinazione di questo strano gruppo è una chiesa abbandonata situata nei recessi delle montagne di Nagano. Ad aspettarlo ci sono dei misteriosi codici segreti e una serie di omicidi, ma nel corso delle indagini Conan dovrà anche carpire ad Amuro un importante suggerimento sulla vera natura di Rum…