Universal Century 0096. A pochi anni dalla conclusione del conflitto contro Neo Zeon il desiderio d'indipendenza degli spazionoidi è ancora forte. Per riuscire a rompere l'egemonia della Federazione terrestre, un gruppo terrorista noto come Maniche cerca di impossessarsi di un misterioso oggetto conosciuto come lo Scrigno di Laplace. I ribelli agiscono durante la transazione d'affari tra il commerciante d'arte in possesso dello scrigno e Zinnerman, comandante della nave Garencieres; nonostante i tentativi della principessa Audrey e dello studente Banagher di fermarli, il piano riesce.
Una nuova guerra esplode, non prima tuttavia che Banagher entri in possesso del potentissimo Gundam Unicorn.