Nella città-studio, Toma Kamijo è un liceale come tanti, ma con la sua mano destra è in grado di annullare qualunque potere anomalo. La sua vita prende una piega assurda il giorno in cui trova (stesa sul suo balcone!) la suora bambina Index, custode “mnemonica” di ben 103.000 grimori di proprietà della Chiesa Puritana d’Inghilterra…!
Eliminato Kihara, Accelerator si ritrova a far parte di un’organizzazione chiamata Group pur senza conoscerne scopi né gerarchia. Il primo incarico che gli viene affidato è l’omicidio di Ritoku Komaba, leader degli Skill Out: le azioni di disturbo di questi ultimi rischiano infatti di innalzare il livello d’allarme nella città-studio favorendo le iniziative d’attacco della Chiesa Ortodossa Romana…