Nel bel mezzo dell’epoca Edo, quella dei grandi samurai, piombano dal cielo degli alieni chiamati Amanto che conquistano la Terra. La casta dei samurai viene abolita e i nobili guerrieri privati della spada. Tuttavia, qualcuno non è disposto ad accettare questa imposizione: si tratta di Gintoki Sakata, ragazzaccio ribelle e impulsivo, che con un gruppo di amici cerca di tirare avanti senza tradire i principi del vero samurai…
Mentre Otae cerca di risollevare le sorti del dojo Kodokan, rispunta il vecchio boss di cui si era persa ogni traccia. L’uomo, che nel frattempo si è impadronito delle tecniche fantascientifiche di una nuova scuola, nasconde un importante segreto che ha a che fare con le sorti della Terra…