Akira è uno studente timido e poco coraggioso che ha un rapporto problematico con la tecnologia. Temendo che i compagni possano allontanarlo per via del suo carattere, decide di compiere il primo passo verso il cambiamento aiutando una ragazza in difficoltà. Tuttavia viene investito da un camion e, ironia della sorte, si risveglia anni dopo sotto forma di EX-ARM 00, un’arma tecnologicamente avanzata dalla coscienza umana e dalle potenzialità sconosciute…
Durante l’asta delle EX-ARM, diventata un gioco al massacro, si scopre dov’è nascosta la Sezione Anti-EX-ARM, che subito viene attaccata da tutte le altre organizzazioni. Akira e Minami riescono a togliersi dai guai grazie all’aiuto di Yggdrasill, ma, quando finalmente si uniscono agli altri, il nascondiglio è distrutto e gli occupanti dispersi. Inoltre, al momento della battaglia decisiva tra i sopravvissuti, ovvero Al Jarde, compagnia Hanoi e Jinkokusha, interviene un misterioso nemico…