Akira è uno studente timido e poco coraggioso che ha un rapporto problematico con la tecnologia. Temendo che i compagni possano allontanarlo per via del suo carattere, decide di compiere il primo passo verso il cambiamento aiutando una ragazza in difficoltà. Tuttavia viene investito da un camion e, ironia della sorte, si risveglia anni dopo sotto forma di EX-ARM 00, un’arma tecnologicamente avanzata dalla coscienza umana e dalle potenzialità sconosciute…
La battaglia tra organizzazioni rivali causata dall’asta delle EX-ARM si inasprisce, la Sezione Anti-EX-ARM si ritrova in minoranza, e la verità sul massacro della famiglia di Al Jarde e dei genitori di Minami viene svelata. Al Jarde medita vendetta. Minami cerca di fermarlo ma a bloccarla arrivano Soma, il fratello minore da cui era stata separata, e Alma, la cui I.A. è stata riscritta. Intanto, il nascondiglio della Jinkokusha viene rivelato a tutte le altre organizzazioni e il gruppo di Akira viene messo alle strette… Ma chi è la persona venuta a salvarli?!