Anno 2014: Akira Natsume è uno studente che ha un rapporto problematico con la tecnologia. Temendo che i compagni possano allontanarlo per via del suo carattere, decide di compiere il primo passo verso il cambiamento. Un passo che, tuttavia, finirà per condurlo verso una tragica fine…
Anno 2030: nel porto della baia di Tokyo sta per avvenire lo scambio di una potentissima arma tra due bande criminali. L’agente di polizia Minami Uezono e la sua compagna androide Alma, che sono sul posto, vengono attaccate da un nemico equipaggiato con l’Ex-Arm 08. Per difendersi, le due non hanno altra scelta che attivare l’Ex-Arm 00 sottratta ai delinquenti, scoprendo così che l’arma è dotata del cervello di un ragazzo…