Prequel del celebre manga e trasposizione in fumetto della serie animata, Ghost in the Shell – Arise fa finalmente luce sul passato dei protagonisti della seguitissima saga cyberpunk, raccontando la genesi della mitica Sezione 9! La giovane Motoko Kusanagi, al servizio del Governo, è impegnata a indagare su vari indiziati, sospettati di grossi crimini. Al suo fianco avrà coloro che diventeranno i suoi futuri e inseparabili compagni…
Nella notte di Natale, dei poliziotti uccidono un partecipante alla manifestazione contro l’accordo di compravendita dell’acqua. Motoko, determinata a costituire un’unità d’assalto con privilegi speciali, si impegna a fondo nell’indagine, fin quando non viene colpita da un mandato di cattura…