Tratto dall'omonimo film del maestro Shinkai, Viaggio verso Agartha è il primo capitolo di una storia toccante di amicizia e di crescita. La giovane protagonista, Asuna, ama trascorrere il tempo ascoltando i programmi trasmessi da una vecchia radio appartenuta al suo defunto padre, ma l'incontro con un ragazzo molto particolare la porterà a esplorare nuovi orizzonti...
La pietra che Asuna ha ereditato dal padre si rivela essere la chiave per entrare ad Agartha. La ragazza si avventura in compagnia del professor Morisaki, mentre Shin, in lutto per la perdita di suo fratello maggiore, affronta la missione affidatagli dal capo villaggio. Strada facendo, il segreto sulle origini di Asuna si va svelando...