Nel bel mezzo dell'epoca Edo, quella dei grandi samurai, piombano dal cielo degli alieni che si fanno chiamare Amanto, i quali, forti della loro superiorità tecnologica, conquistano la Terra. La casta dei samurai viene abolita e i nobili guerrieri privati della spada, che considerano la loro stessa anima. Tuttavia, qualcuno non è disposto ad accettare questa imposizione: si tratta di Gintoki Sakata, ragazzaccio ribelle e impulsivo, che con un gruppo di amici cerca di tirare avanti senza tradire i principi del vero samurai...
Takasugi sta tramando un colpo di stato! Gintoki dovrà impedirlo a tutti i costi, e dovrà vedersela anche con quella spia di Yamazaki... oltre che una serie di altri personaggi decisamente alla portata della sua stramberia!