Shinichi Kudo è un brillante liceale abilissimo nel risolvere qualunque enigma o caso di omicidio, anche il più complesso. Un giorno viene catturato da dei misteriosi uomini in nero e viene costretto a bere una strana medicina che lo trasforma in un bambino delle elementari… Da quel momento diverrà Conan, il piccolo detective più famoso del Giappone!
Un brivido di sangue attraversa la villa nella montagna in cui Conan si è imbattuto con i suoi amici: i misteriosi fenomeni legati alla figura della "donna rossa" incalzano le indagini, conducendole su una lugubre pista. Nel corso delle ricerche, il comportamento del detective Sera desta non pochi sospetti agli occhi attenti del nostro investigatore...